本校は教育方針(「学園が目指すこと」)として次の三点を掲げています。
 
1.基礎学力の充実
  •  中高一貫教育を基本として、基礎学力の充実・錬磨につとめ、高等教育への素地をつくる。

2.進取的気力の養成

  •  進んで心身を鍛練し、個性の伸長・自主性の確立につとめ、いかなる苦難にも屈せぬ気概を養う。

3.豊かな人間性の形成

  •  東大寺創建の精神にかんがみ、生あるものすべての共存・相互扶助への自覚を深め、情操豊かな人間性の育成につとめる。

 
端的に言えば、将来様々な分野で活躍するリーダーとして必要な素養を身につけることを東大寺学園は目指しているのです。そのために中高一貫のメリットを活かし、「進度」よりも「深度」に重きを置き、6年間をフルに使った独自のカリキュラムで、学ぶことの楽しさが実感できる密度の高い授業を展開しています。各教科の教員は様々な工夫をして学問の面白さを生徒に伝えようと努力しています。中高生の段階で学問の面白さや深さを知り、学ぶ姿勢を身につけた生徒は大学進学後も良い学びを追求することができます。授業以外では中学で「東大寺学」、研修旅行、スキー研修、体育大会、球技大会、長距離走大会、高校でも夏山登山や行き先を生徒が投票で決める修学旅行など、数多くの学校行事があります。9月に行われる菁々祭(文化祭)は全校あげての取り組みとなっています。また、クラブ・同好会活動も非常に盛んで、兼部をする生徒も少なくなく高校2年生までは加入率が100%を超えており、全国レベルの成果をあげているものもあります。自由な環境のもと、これらの学校行事やクラブ・同好会活動をとおして個性を伸ばし、自主性と豊かな人間性を培って欲しいと願っています。